Władza Wdrażająca Program Współpracy Przygranicznej Phare została powołana w 1994 roku na mocy Umowy Finansowej z dnia 19 września 1994 r. zawartej pomiędzy Rządem RP a Komisją Europejską. Umowa ta dotyczyła subwencji dla sfinansowania Programu Współpracy Transgranicznej Polska - Niemcy 1994 - PL9402.

W następnych latach WWPWP powierzano realizację kolejnych programów Phare Współpracy Przygranicznej (CBC), a w późniejszym okresie otrzymała do realizacji również Program Phare Wymiar Sprawiedliwości i Sprawy Wewnętrzne (JHA) oraz na mocy porozumienia pomiędzy Ministrem Spraw Wewnętrznych i Administracji oraz Ministrem Gospodarki, Program Phare Spójność Społeczno - Gospodarcza (SSG).

Od 1 stycznia 2004 roku Władza Wdrażająca Program Współpracy Przygranicznej Phare jest państwową jednostką budżetową podległą Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji, który sprawuje nadzór nad działalnością Władzy Wdrażającej.

W dniu 7 marca 2007 roku decyzją Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji nastąpiła zmiana nazwy jednostki na Władza Wdrażająca Programy Europejskie (WWPE).

Obecnie, WWPE realizuje w imieniu Rządu Rzeczypospolitej Polskiej zadania związane z zarządzaniem środkami funduszy strukturalnych Unii Europejskiej, środkami pochodzącymi z bezzwrotnej pomocy zagranicznej oraz środkami innych programów powierzonych jej do realizacji, w tym:

• Program Operacyjny „Infrastruktura i Środowisko” - w zakresie XI osi priorytetowej „Kultura i dziedzictwo kulturowe”,
• Program Operacyjny „Innowacyjna Gospodarka” - w zakresie VII osi priorytetowej „Społeczeństwo informacyjne - budowa elektronicznej administracji" i VIII osi priorytetowej "Społeczeństwo inforamcyjne - zwiększenie innowacyjności gospodarki",
• Program Operacyjny „Kapitał Ludzki" - Poddziałanie 1.3.1 „Projekty na rzecz społeczności romskiej"
• Europejski Funduszu na rzecz Uchodźców,
• Fundusz Granic Zewnętrznych,
• Europejski Funduszu na rzecz Powrotów Nielegalnych Imigrantów,
• Fundusz Schengen,
• Mechanizm Finansowy Europejskiego Obszaru Gospodarczego i Norweski Mechanizm Finansowy – w zakresie Priorytetu „Wdrażanie przepisów z Schengen, wsparcie Narodowych Planów Działania z Schengen oraz wzmacnianie sądownictwa”, w zakresie Priorytetu „Polityka regionalna i działania transgraniczne” oraz w zakresie Priorytetu „Ochrona kulturowego dziedzictwa europejskiego, w tym transport publiczny i odnowa miast”,
• Program Sąsiedztwa Polska-Białoruś-Ukraina INTERREG IIIA/TACIS CBC,
• Interreg IIIA Polska-Słowacja,
• System Informacyjny Schengen,
• System Informacji Wizowej,
• ESPON,
• INTERACT.

Władza Wdrażająca zarządza programami powierzonymi jej do realizacji w zakresie i w sposób zgodny z przepisami prawa, postanowieniami umów międzynarodowych dotyczących poszczególnych programów, decyzjami uprawnionych organów administracji rządowej oraz zasad obowiązujących przy realizacji tych programów.
W ramach wykonywania zadań określonych Władza Wdrażająca, w szczególności:

• nadzoruje wdrażanie powierzonych jej programów finansowanych w ramach funduszy strukturalnych, inicjatyw europejskich oraz innych funduszy europejskich, w tym programów pomocy przedakcesyjnej;
• planuje, rozlicza i kontroluje płatności i gospodarkę środkami finansowymi w ramach powyższych programów w zakresie nie przekazanym innym podmiotom;
• monitoruje finansowy i rzeczowy postęp realizacji projektów.
• wydaje certyfikaty kwalifikowalności wydatków w ramach wdrażanych przez nią programów

WWPWP jest jednostką, która od początku swojego istnienia pracowała nie tylko nad realizacją, zarządzaniem i monitoringiem powierzonych jej programów, ale również na rzecz administracji i instytucji biorących udział w wykorzystaniu środków UE, wspierając je w przygotowaniach do efektywnego korzystania z pomocy, jaką zapewniają fundusze Unii Europejskiej. W trakcie dwunastoletniego doświadczenia we wdrażaniu programu Phare, WWPWP zdobyła bogate doświadczenie, które umożliwiają sprawną i efektywną realizację innych programów finansowanych ze środków UE.

Dodatkowo, WWPWP profesjonalnie doradzała i wspomagała beneficjentów w procesie zarządzania projektami Unii Europejskiej, Dotyczy to zarówno beneficjentów projektów infrastrukturalnych, którymi były jednostki samorządu terytorialnego, gminy i związki gmin, organizacje społeczne, Urzędy Wojewódzkie, Urzędy Marszałkowskie, urzędy centralne jak np. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji oraz odpowiednie służby tj. Policja, Państwowa Straż Pożarna, Straż Graniczna czy Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych czy Autostrad, jak i Euroregiony, które zarządzały Funduszami Małych Projektów (SPF)na wszystkich granicach a otrzymały bezpośrednie wsparcie merytoryczne oraz finansowo- księgowe ze strony WWPWP. Wsparcie sprawnego zarządzania w Euroregionach przeniosło się na wysokie wykorzystanie funduszy w SPF, których bezpośrednimi beneficjentami były setki lokalnych organizacji i gmin na wszystkich granicach.

Schemat organizacyjny WWPE: